В декабре 2000 — январе 2001 года в Чеченской республике в составе боевой экспериментальной группы в боевых действиях против бандформирований приняли участие 2 Ка-50 и один Ка-29ВПНЦУ, переоборудованный из транспортно-боевого в вертолёт наблюдения и целеуказания.
В процессе доработки и переоборудования в разведчик-целеуказатель вооружение Ка-29 сохранилось. Для использования Ка-29 в качестве воздушного пункта наведения и целеуказания на вертолёт установили комплекс средств автоматизации и связи, а также прицельно-пилотажно-навигационный комплекс «Рубикон». В результате Ка-29 ВПНЦУ получил возможность управления групповыми действиями боевых вертолетов в воздухе, и связь в закрытом режиме с командными пунктами ВВС и Сухопутных войск на основе непрерывного обмена информацией в реальном масштабе времени.
Для снижения уязвимости от ПЗРК вертолет был оснащен тепловыми ловушками и экранно-выхлопными устройствами. Перед вылетом в район боевых действий опознавательные знаки и бортовые номера машин были закрашены. Наиболее заметным отличием Ка-29ВПНЦУ от Ка-29 стало оптическое окно ПрПНК «Рубикон» под носовой частью фюзеляжа.
Вертолёты с соосной схемой винта с самого начала продемонстрировали лучшую способность действовать в сложных метеоусловиях и горной местности. «Камовские» машины по сравнению с Ми-8 и Ми-24 оказались более устойчивы к резким порывам ветра. Отсутствие хвостового винта существенно облегчало пилотирование в узких ущельях, также сказалась и способность развернуться буквально на одном месте.
Большая часть целей находилась в труднодоступной горно-лесистой местности, на склонах, в ущельях и на вершинах гор на высоте до 1,5 км. Ка-29ВПНЦУ не только корректировал действия других боевых вертолётов при нанесении ударов по лагерям и местам сосредоточения боевиков, складам боеприпасов, блиндажам, укрытиям и огневым точкам, но и сам участвовал в уничтожении целей. Всего с Ка-29 ВПНЦУ было выполнено 29 стрельб и израсходовано 184 реактивных снаряда С-8.
Зачастую боевые вылеты осуществлялись в плохую погоду. Перевалы порой затягивало туманом, и полеты приходилось производить проводить по ущельям, что не явилось препятствием для выполнения боевых задач. Хотя основные силы боевиков к моменту прибытия на Северный Кавказ Ка-29 и Ка-50 были рассеяны, противник оказывал активное огневое противодействие, и имелась реальная опасность нарваться на очередь зенитного крупнокалиберного пулемёта или ракету ПЗРК.
В Чечне Ка-29ВПНЦУ в связке с Ка-50 совершил 27 боевых вылетов. Также осуществлялась корректировка действий боевых вертолётов Ми-24. В целом, несмотря на некоторые недочёты, вызванные спешкой при монтаже оборудования и нехваткой финансирования, Ка-29ВПНЦУ в ходе боевых действий на Северном Кавказе зарекомендовал себя положительно. Пилоты Ка-50 и Ми-24 отмечали, что благодаря лучшей информационной осведомлённости и внешнему целеуказанию с борта воздушного командного пункта, эффективность и точность ударов по наземным целям существенно возросла. Также повысилась безопасность полётов и снизилась уязвимость от средств ПВО боевиков. Экипаж Ка-29ВПНЦУ, находясь вне зоны эффективного огня, с помощью оптоэлектронных средств наблюдения и целеуказания определял координаты целей и измерял дальность до них. В случае необходимости вертолёт разведки и целеуказания мог не только предупредить экипажи ударных машин об опасности, но и самостоятельно подавить проявившие себя зенитные установки.
Несмотря на то, что Ка-29ВПНЦУ хорошо проявил себя в ходе боевых действий, всего известно о двух машинах данной модификации. Командование армейской авиации с учётом опыта применения «камовских» вертолётов в ходе боевых действий в Чечне решило развивать тему двухместных специализированных боевых вертолётов, хотя командно-разведывательные машины не помешали бы и им, особенно в разного рода «антитеррористических» операциях. По всей видимости, отказ от дальнейшей постройки Ка-29ВПНЦУ связан с банальной нехваткой средств. Как известно, создание Ка-29ВПНЦУ в основном велось за счёт средств ВНТК им. Н.И. Камова и государство фактически самоустранилось от финансирования данной темы.
